ပြည်ထောင်စုသမ္မတမြန်မာနိုင်ငံတွင် လွတ်လပ်ရေးမရမီကပင် သာသနာ့ရေးရာအဖြာဖြာ ကို ဆောင်ရွက်နိုင်ရန်အတွက် သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနကို ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။ ၁၉၆၂ ခုနှစ် တော်လှန်ရေး ကောင်စီလက်ထက်တွင် သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနသည် ပြည်ထဲရေးနှင့်သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာန လက်အောက်၌ ဦးစီးဌာနအသွင်ဖြင့် သာသနာရေးကိစ္စရပ်များကို အောက်ပါ ၇ ဌာနဖြင့် ဆောင်ရွက်ခဲ့ ပါသည်-
(၁) သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနအတွင်းဝန်ရုံး
(၂) သာသနာ့ညွှန်ကြားရေးဝန်ဌာနခွဲ
(၃) ပါဠိတက္ကသိုလ်နှင့် ဓမ္မာစရိယဌာနခွဲ
(၄) ပါဠိပညာရေးဌာနခွဲ
(၅) ကမ္ဘာ့ဗုဒ္ဓတက္ကသိုလ်
(၆) ဗုဒ္ဓသာသနာ့အဖွဲ့
(၇) တိပိဋကဓရရွေးချယ်ရေးအဖွဲ့
၁၉၇၂ ခုနှစ်၊ မတ်လ ၂၅ ရက်နေ့တွင် အုပ်ချုပ်ရေးစနစ်သစ်ပေါ်ထွန်းလာမှုအရ အဆိုပါ ၇ ဌာနကို ပူးပေါင်း၍ သာသနာရေးဦးစီးဌာနအဖြစ် ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။ တစ်ဖန်နိုင်ငံတော်ငြိမ်ဝပ်ပိပြားမှုတည်ဆောက်ရေးအဖွဲ့ အစိုးရလက်ထက်တွင် ထေရဝါဒဗုဒ္ဓ သာသနာကို ပြည်တွင်းပြည်ပတို့၌ထွန်းကားပြန့်ပွားစေရေးအတွက် ၁၉၉၁ ခုနှစ်၊ မတ်လ ၉ ရက်နေ့တွင် သာသနာတော် ထွန်းကားပြန့်ပွားရေးဦးစီးဌာနဟူ၍ ဦးစီးဌာနအသစ်ကို ဖွဲ့စည်းပေးခဲ့ပါသည်။ ပြည်ထဲရေးနှင့်သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနအောက်တွင် အထက်ပါအတိုင်း သာသနာရေးဦးစီး ဌာနနှင့် သာသနာတော်ထွန်းကားပြန့်ပွားရေးဦးစီးဌာန ၂ ဌာနဖြင့် ဖွဲ့စည်းဆောင်ရွက်ခဲ့ရာမှ နိုင်ငံတော် ငြိမ်ဝပ်ပိပြားမှုတည်ဆောက်ရေးအဖွဲ့၏ ၂၀-၃-၁၉၉၂ ရက်နေ့ အမိန့်ကြော်ငြာစာအမှတ်(၂၃/၉၂)အရ ၂၁-၃-၁၉၉၂ ရက်နေ့မှစ၍ သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနဟု သီးခြားဝန်ကြီးဌာန တစ်ဌာနအဖြစ် ဖွဲ့စည်း စေခဲ့ပါသည်။ ထိုသို့ သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနအနေဖြင့် သီးခြားဝန်ကြီးဌာနဖွဲ့စည်းချိန်တွင် သာသနာရေး ဦးစီးဌာနနှင့် သာသနာတော်ထွန်းကားပြန့်ပွားရေးဦးစီးဌာနဟူ၍ ဦးစီးဌာန ၂ ဌာနသာ ရှိပါသည်။ သို့ရာတွင် ထေရဝါဒဗုဒ္ဓသာသနာတော်မြတ်ကြီးအား သင်ယူလေ့ကျင့်စေရေးအတွက် တစ်ကမ္ဘာလုံး၌ ဗြဟ္မစိုရ်တရားထွန်းကား၍ ငြိမ်းချမ်းသောလောကဖြစ်စေရန်နှင့် ပိဋကတ်စာပေကျွမ်းကျင်နှံ့စပ်သည့် ပုဂ္ဂိုလ်များတိုးပွားလာစေရန် ၂၅-၆-၉၈ ရက်နေ့တွင် ကျင်းပသော အစိုးရအဖွဲ့အစည်းအဝေးအမှတ်စဉ် (၂၂/၉၈) ဆုံးဖြတ်ချက်အရ သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနအောက်တွင် “အပြည်ပြည်ဆိုင်ရာထေရဝါဒဗုဒ္ဓ သာသနာပြုတက္ကသိုလ်” ကို အသစ် တိုးချဲ့ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။
၂၀၁၅ ခုနှစ်၊ ဒီမိုကရေစီအစိုးရသစ်လက်ထက်တွင် သာသနာရေးဝန်ကြီးဌာနနှင့် ယဉ်ကျေးမှု ဝန်ကြီးဌာနကို ပူးပေါင်း၍ သာသနာရေးနှင့်ယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာနအဖြစ် ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။
